Rupert Thorne est l'un des acteurs principaux de Gotham City. Conseiller municipal corrompu et membre de la Pègre, il devient l'un des plus grand piliers de la Mafia après la chute de Carmine Falcone et de Salvatore Maroni. C'est en partie grâce à Rupert Thorne que le maire corrompu, Hamilton Hill, est élu, afin d'évincer James Gordon de son poste de commissaire sous prétexte de ne pas avoir réussi à capturer le Batman. Lorsqu'Hugo Strange vend l'identité de Bruce Wayne au plus offrant, Thorne décide de le capturer et de le torturer à mort. Hanté par l'esprit de Strange, Thorne commence peu à peu à perdre les pédales. Il fait assassiner ses plus proches alliés et Batman l'arrête. Néanmoins, il sortira très vite de prison grâce à ses soutiens, mais restera pendant un long moment dans le colimateur de Batman.

Thorne est aussi un des grands pontes du cartel de la Drogue. S'associant souvent avec le Pingouin, Thorne se mouille dans de nombreuses affaires. Vouant une haine envers Harvey Dent, Thorne ne se priverait pas de l'éliminer s'il le pouvait. Thorne a même réussi à s'imposer en détruisant l'empire mafia d'Arnold Stromwell, un de ses plus proches ennemis. On peut aussi dire que Thorne est un homme paranoïaque, dévoré par l'ambition et par le désir de tout régir, tout contrôler. Irrité par Batman, c'est lui qui fera venir Bane une nouvelle fois à Gotham City pour se débarrasser du Chevalier Noir. Sans succès une nouvelle fois, Thorne est vaincu par le Batman. Peu après, Thorne fait la comparaison entre Batman et Bruce Wayne, il fait le rapprochement et comprend que Batman n'est autre que le play-boy millionnaire. Engageant Deadshot, ce-dernier échoue, et Batman menace Thorne de détruire son empire morceau par morceau si son identité était révélée. Thorne se tient tranquille depuis ce temps, mais pour combien de temps encore ?

Rupert Thorne a un frère, Matthew Thorne, le Docteur du Crime. Et même si les deux hommes ne se supportent pas l'un l'autre, ils s'entre-aident comme le fait une famille, dans les cas les plus durs. Mais cela, est une autre histoire.

Hanté par le souvenir d'Hugo Strange qu'il a fait torturé, il a un accident de voiture à cause du "fantôme d'Hugo Strange" qu'il a vu pendant sa conduite. Présumé mort, son empire s'est disloqué avec sa disparition.